Esta es una de tantas expresiones que paso de un lenguaje a otro, en este caso, del ingles al español. En Ingles la expresión «to make sense» significa «tener sentido» pero se ha popularizado la expresión «hacer sentido» que es incorrecta. Tal como se muestra en el Diccionario panhispánico de dudas de la RAE, todas las combinaciones posibles del verbo hacer no incluyen la combinación «hacer sentido».
Algunos enlaces que documentan el error común en el uso a continuación:
http://espanolsinmisterios.blogspot.com/2011/10/hacer-sentido-no-tiene-sentido.html
https://translate.google.com.co/?ie=UTF-8&hl=en&client=tw-ob#auto/es/to%20make%20sense
Blog de Carlos Ardila 
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